反向long noncoding RNA(lncRNA)靶基因预测服务
产品报价:询价
更新时间:2014/1/7 11:00:05
产地:上海
品牌:BIOTREE
型号:定制
厂商性质: 生产型,服务型,
公司名称: 上海阿趣生物科技有限公司
阿趣生物科技有限公司 : (18721553101) (021-61531195)
(联系我时,请说明是在来宝网上看到的,谢谢!)产品报价:询价
更新时间:2014/1/7 11:00:05
产地:上海
品牌:BIOTREE
型号:定制
厂商性质: 生产型,服务型,
公司名称: 上海阿趣生物科技有限公司
阿趣生物科技有限公司 : (18721553101) (021-61531195)
(联系我时,请说明是在来宝网上看到的,谢谢!)服务内容:
与常规的从lncRNA出发预测靶基因不同,反向long noncoding RNA(lncRNA)靶基因预测是从感兴趣的已知基因开始(例如p53,COX-2等与肿瘤等密切相关的基因,这些基因可以来自芯片分析结果、NLP结果或客户给定的任何基因列表),利用我们的long noncoding RNA(lncRNA)数据库和靶基因预测软件pipeline,找到潜在的调节这些基因的lncRNA。
研究方法:
我们的服务提供:
1. 获取感兴趣的基因集合
这些基因可以来自芯片分析结果、NLP结果或客户给定的任何基因列表。如p53,COX-2。
2. 建立lncRNA数据库
我们通过整合已知所有lncRNA数据库,形成一个全面的包含所有lncRNA序列的数据库
3. 细胞组织特异高表达lncRNA的鉴定(可选)
根据客户提供的细胞组织信息,我们搜索已有的tiling芯片以及新一代测序得到的转录组信息,从全基因组已知lncRNA的中鉴定高表达的lncRNA。
4. cis靶基因预测
Cis作用[5]是lncRNA的一种靶基因作用方式。我们利用基因组注释和基因组浏览器鉴定lncRNA的可能的靶基因。一般在启动子区域同向转录的靶基因一般是促进表达作用,反向为抑制。而在3’-UTR区域时,部分情况下反向也为促进表达,见[14]。
5. trans靶基因预测
trans作用是lncRNA的另一种靶基因作用方式。我们利用RNAplex(http://www.tbi.univie.ac.at/~htafer/)等鉴定lncRNA的可能的靶基因。