染色质免疫沉淀-测序（ChIP-Seq）

概述 

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。 

ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

技术路线 

1．实验流程（Solexa）

实验流程示意图

生物信息分析流程示意图

研究内容 

1．测序 
对客户提供的ChIP样品（如果有阴阳参启动子区域或DNA序列的）进行定量检测，检测合格后进行测序文库构建、DNA成簇（Cluster generation）扩增、高通量测序。 

2．基本数据分析 
数据产出统计：对测序结果进行图像识别（Base calling），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（Reads）长度、Reads数量、数据产量。 

3. 高级数据分析 
标准高级数据分析内容包括： 
（1）ChIP-Seq序列与参考序列比对； 
（2）Peak calling：统计样品Peak信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）； 
（3）统计样品Uniquely mapped reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度； 
（4）给出每个样品Peak关联基因列表及GO功能注释； 
（5）在多个样品间，对与Peak关联基因做差异分析。 

技术特点

应用领域 

由于ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果，为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研究者可以在以下几方面展开研究： 

（1）判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰； 
（2）检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位； 
（3）研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系； 
（4）CTCF转录因子研究。