CUT&Tag技术的四大应用场景

CUT&Tag是一种新的DNA—蛋白质互作研究方法。与传统的ChIP-Seq相比，CUT&Tag技术操作简便，无需免疫共沉淀和超声破碎；细胞起始量低。60-100000个细胞就可以满足需要，且CUT&Tag单细胞技术已经实现；一步完成建库，不需要传统的修复末端，加A，加接头构建文库；信噪比高。

CUT&Tag技术优势——特异性强，背景噪音较低；灵敏度强；重复性较好；成本远低于ChIP-Seq。

CUT&Tag技术原理：

CUT&Tag技术的核心是在Tn5上融合了protein A/G抗体结合功能域的转座体pAG-Tn5。在进行CUT&Tag实验时，首先进行靶蛋白特异性抗体（一抗）孵育，使抗体进入细胞与靶蛋白结合。为了放大信号，同理接着进行二抗孵育。最后孵育pAG-Tn5转座体，使得转座体进入细胞并与抗体结合，这样就把转座体间接的固定在靶蛋白上，随后加入Mg2+，激活Tn5酶的切割活性，打断靶蛋白结合的DNA区域。由于Tn5连有测序接头，在打断的同时直接在片段化的DNA上加接头，接着提取DNA，进行PCR扩增构建文库。

一：CUT&Tag实验结果进行qPCR分析

CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似，定量的长度、方法、引物设计等几乎完全一致。一般的实验流程为：细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—qPCR检测。整个实验流程不超过10小时。

二：CUT&Tag实验结果进行高通量测序（NGS）分析

CUT&Tag本身是一种高通量测序技术，最终所获取的实验结果也是测序文库。CUT&Tag的文库与ChIP-Seq类似，都是200-1000bp左右的文库。测序所得的数据可以用常规的分析软件进行分析，无需特殊的分析软件。一般的实验流程为：细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—PCR构建文库—文库纯化—质检—测序。整个实验流程约10小时。

三、CUT&Tag技术对不同的靶蛋白具有广泛的适用性

CUT&Tag与ChIP-seq一样，对常见的组蛋白和转录因子具有很好的适用性。多篇引用文章证实，CUT&Tag对RAR、CCKBR、TWIST2（转录因子）、JUN、JUNB、PIM1、Runx1、SOX15等DNA直接或者间接结合蛋白都具有很好的适用性。即CUT&Tag技术适用于全基因组范围内的DNA-蛋白质互作研究。

四、CUT&Tag技术对不同的细胞样本具有广谱的适用性

CUT&Tag技术对实验室常规的模式生物和细胞系都有很好的适用性。这些模式生物包括人、动物、植物、微生物样本。CUT&Tag技术在HepG2 cell、RAW246.7 cell、KYSE cell、Human primary cell、Human Tissure cell、hPSCs、K562 cell、mouse ES cell、HEK293T cell、mouse MEFs cell、mouse embryos cell、mouse brain cell、NIH3T3 cell、CD4+T cell、HeLa S3 cell、H1 hESCs cell、CD8+T cell、果蝇细胞、muscle stem cell、拟南芥、水稻、棉花等细胞样本中已经得到了应用，可见，CUT&Tag技术对实验室常规细胞样本具有广谱的适用性，含有细胞壁的细胞也适用。

艾美捷 CUT&Tag技术 相关研究工具：

cat# 名称   时长

P-2028 EpiNext CUT&RUN Fast Kit  <3小时

P-9018 EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit  <3小时

P-9016 EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit  <6小时

P-2032 EpiNext cTIP (CUT&Tag In-Place)-Sequencing Kit  <5小时

来源：https://www.amyjet.com/featured/cutrun-3.shtml

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CUT&Tag技术的拓展场景应用了解一下~

接着前面，我们知道了CUT&Tag技术在不同场景下的不同应用，那么接下来一起看看CUT&Tag技术更多的拓展场景应用吧~

一、CUT&Tag单细胞实验

实验证明，CUT&Tag细胞可以用于单细胞测序，而这是百万级细胞起始量ChIP-Seq技术所不能实现的。多篇文章表明CUT&Tag技术在单细胞测序方面有很好的应用。

CUT&Tag单细胞测序应用

二、CUT&Tag技术在标签蛋白上的应用

我们知道，许多靶蛋白是没有特异性抗体的。那么是否可以通过连有Flag、GFP等标签进行CUT&Tag实验呢？答案是可以的。下面这篇客户文章证实了这一可能性。通过对SOX-15连上3xFlag标签，利用Flag primary antibody进行CUT&Tag实验。

CUT&Tag技术分析连有3xFlag标签的SOX15结合位置

艾美捷 CUT&Tag技术 相关研究工具：

cat# 名称   时长

P-2028 EpiNext CUT&RUN Fast Kit  <3小时

P-9018 EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit  <3小时

P-9016 EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit  <6小时

P-2032 EpiNext cTIP (CUT&Tag In-Place)-Sequencing Kit  <5小时

来源：https://www.amyjet.com/featured/cutrun-3.shtml

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CUT&Tag技术：信噪比高，重复性好

CUT&Tag是蛋白质-DNA互作关系研究的新方法，2019年弗雷德哈钦森癌症研究中心的Henikoff博士在Nature Communication公开了该技术的详细结果与实验方案。与以往的ChIP-Seq、pA-MNase等方法相比，这种技术方法简便易行，信噪比高，重复性好，需要的细胞数量少至60个细胞，且有望将ChIP-Seq做到单细胞水平。

最新开发的技术，使用核酸酶在靶标下切割和释放(CUT&RUN-sequencing)以及在靶标下切割和标记（CUT&Tag-sequencing），用于从低输入材料来绘制蛋白质-DNA相互作用，并显着提高了映射分辨率。然而，这两种技术的成本都较高。CUT&RUN-sequencing使用昂贵的 pA/MNase融合蛋白，该蛋白具有显着的A/T序列偏差，导致目标蛋白结合的DNA 区域谱受到MNase消化水平的严重影响。CUT&Tag-sequencing显示出相同的消化偏差，并且由于Tn5转座酶导致染色质的脱靶可及性，因此特异性较低。

为解决这些问题，EpiGentek开发了两种新技术—CUT&RUN Fast和CUT&Tag In-Place-Sequencing，用于快速富集与蛋白质结合的DNA，并绘制全基因组蛋白质/DNA相互作用图。新技术具有“两高一低”的优势：高分辨、高时效以及低输入。

艾美捷 EpiGente CUT&RUN和CUT&Tag技术来了。特别是 EpiQuik CUT&RUN M6A RNA富集试剂盒（P-9018）和EpiNext CUT&RUN M6A RNA-Seq试剂盒(P-9016)，可以在最小的非特异性背景水平上，从低输入RNA样本中特异性捕获和富集含有m6A修饰的RNA片段。富集的 RNA 特别适用于快速构建非条形码（单重）和条形码（多重）文库，允许以更小的偏差和高分辨率绘制 m6A 区域。

结果展示：

艾美捷 CUT&Tag技术 相关研究工具：

cat# 名称   时长

P-2028 EpiNext CUT&RUN Fast Kit  <3小时

P-9018 EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit  <3小时

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MyBioSource转甲状腺素蛋白定量检测试剂盒丨多种属样本检测

转甲状腺素蛋白（transthyretin，TTR）被称为维生素A结合蛋白、前白蛋白（prealbumin，PA）以及甲状腺结合前清蛋白，是一种四聚体结构蛋白，由4个完全相同的亚基通过非共价键结合而成，每个亚基包含了127个氨基酸。TTR在人体内主要有肝脏分泌产生，分布于人体的血浆和脑脊液中，在体内的主要功能是参与甲状腺素和视黄醇的转运，维持体内视黄醇、甲状腺素和视黄醇结合蛋白的正常水平。

TTR可敏感反应机体营养状况及病理变化。已证明TTR与人体多种疾病相关，如家族性甲状腺淀粉样变性、糖尿病等。同时，多项研究表明，TT在多种肿瘤患者血浆中和肿瘤细胞内的表达存在异常。并且，在肝癌细胞中，TTR基因存在缺失，在体外转染肝癌细胞后可抑制其生长。

在正常的生理条件（如pH=7.2）下，TTR是一种具有高度稳定性的四聚体结构蛋白。但TTR四聚体在病理情况或非正常生理状态下（如应激、炎症反应时）可发生分解，降解为单体。TTR的单体会生成种类复杂多样的淀粉样纤维，从而导致细胞内淀粉样纤维非正常生理性集聚。而细胞内的淀粉样异常沉积会造成细胞本身新陈代谢异常以至整个组织功能上的改变和紊乱，从而引发相关的疾病。因此TTR似乎是一种和多种不同类型的恶性肿瘤之间存在相关性的蛋白质。正因为TTR在正常细胞和肿瘤细胞中存在的这样含量和结构上的这种差异性，我们可以考虑将TTR作为新的、有效的肿瘤的标志物，从而反映肿瘤存在，监测肿瘤治疗效果以及其预后的判断。

艾美捷 MyBioSource ——针对多种属样本类型的转甲状腺素蛋白定量检测试剂盒，实现对不同种属样本类型中转甲状腺素蛋白(transthyretin)的定量检测。

名称 样本类型 种属

Human Transthyretin (TTR) ELISA Kit 细胞培养上清液、血清、血浆、其他生物液体 人

Bovine Transthyretin, TTR ELISA Kit 血清、血浆、组织匀浆 牛

Mouse Transthyretin ELISA Kit 血清、血浆、组织匀浆和其他生物液体 小鼠

Dog Transthyretin (TTR) ELISA Kit 血清、血浆、组织匀浆、细胞裂解液、细胞培养上清液和其他生物液体 狗

Pig Transthyretin (TTR) ELISA Kit 血清、血浆、其他生物液体 猪

Monkey Transthyretin (TTR) ELISA Kit 未稀释的原始猴血清、血浆或组织匀浆样品 猴子

Chicken TTR (Transthyretin) ELISA Kit 血清、血浆、其他生物液体 鸡

Rabbit Transthyretin (TTR) ELISA Kit 血清、血浆或含天然&重组TTR 中的细胞培养上清液和组织  兔子

Guinea pig Transthyretin ELISA Kit 血清、血浆、细胞培养上清液、体液和组织匀浆 豚鼠

来源：https://www.amyjet.com/featured/2088.shtml

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MyBioSource转甲状腺素蛋白定量检测试剂盒使用方法

转甲状腺素蛋白定量检测试剂盒基本资料：

中文名称：转甲状腺素蛋白(transthyretin)ELISA检测试剂盒

英文名称：Human Transthyretin (TTR) ELISA Kit

cat#：MBS9715973

样本类型：细胞培养上清液、血清、血浆、其他生物液体

特点：灵敏性高、特异性强、重复性好

转甲状腺素蛋白定量检测ELISA试剂盒的应用：

ELISA法是免疫诊断中的一项新技术，不仅应用于多种病原微生物引起的传染病、非传染病等方面的免疫诊断，也用于大/小分子抗原的定量检测，ELISA法具有灵敏、特异、简单、快速、稳定及易于自动化操作等特点。不仅适用于临床标本的检查，也是和用于血清流行病学调查。

本法不仅可以用来测定抗体，也可以用于测定体液中的循环抗原，是一种早期诊断的良好方法，ELISA法在生物医学各领域的应用范围日益扩大。

艾美捷 MyBioSource 转甲状腺素蛋白定量检测试剂盒使用方法：

1、血清：操作过程中避免任何细胞刺激。使用不含热原和内毒素的试管。收集血液后，1000xg离心10分钟将血红细胞迅速小心的分离。

2、血浆：EDTA、柠檬酸盐、肝素血浆可用于检测。1000xg离心30分钟去除颗粒。

3、细胞上清液：1000xg离心10分钟去除颗粒和聚合物。

4、组织匀浆：将组织加入适量生理盐水捣碎。1000xg离心10分钟，取上清液。

5、保存：如果样品不立即使用，应将其分成小部分-70°保存，避免反复冷冻。尽可能的不要使用溶血或高血脂血。如果血清中大量颗粒，检测前先离心或过滤。不要再37°或更高的温度加热解冻，应在室温下解冻并确保样品均匀的充分解冻。

名称 样本类型 种属

Human Transthyretin (TTR) ELISA Kit 细胞培养上清液、血清、血浆、其他生物液体 人

Bovine Transthyretin, TTR ELISA Kit 血清、血浆、组织匀浆 牛

Mouse Transthyretin ELISA Kit 血清、血浆、组织匀浆和其他生物液体 小鼠

Dog Transthyretin (TTR) ELISA Kit 血清、血浆、组织匀浆、细胞裂解液、细胞培养上清液和其他生物液体 狗

Pig Transthyretin (TTR) ELISA Kit 血清、血浆、其他生物液体 猪

Monkey Transthyretin (TTR) ELISA Kit 未稀释的原始猴血清、血浆或组织匀浆样品 猴子

Chicken TTR (Transthyretin) ELISA Kit 血清、血浆、其他生物液体 鸡

Rabbit Transthyretin (TTR) ELISA Kit 血清、血浆或含天然&重组TTR 中的细胞培养上清液和组织  兔子

Guinea pig Transthyretin ELISA Kit 血清、血浆、细胞培养上清液、体液和组织匀浆 豚鼠

来源：https://www.amyjet.com/featured/2088.shtml